Cum funcţionează sistemul de fişiere din Windows
FAT, vechiul sistem de fişiere din Windows 98 şi Windows Me şi încă întâlnit pe memoriile USB din zilele noastre, nici măcar nu încearcă să aranjeze fişierele în mod inteligent. Când un fişier este salvat, sistemul de fişiere FAT îl aranjează pe spaţiile libere cât mai aproape de începutul hard disk-ului. Când un al doilea fişier este salvat, este aşezat chiar lângă primul fişier – şi aşa mai departe. Când fişier iniţial creşte în dimensiune, va devei întotdeauna fragmentat, deoarece nu există spaţiu liber lângă el.
NTFS, mai noul sistem de fişiere de la Microsoft, întâlnit de la Windows XP încoace, încearcă să fie un pic mai iste: alocă o zonă tampon de spaţiu liber lîngă fişierul salvat iniţial, dar când acesta creşte prea mult în dimensiune, intervine, din nou, fragmentarea.
Din cauza modului în care funcţionează aceste sisteme de fişiere, defragmentarea este obligatorie pentru menţinerea performanţei sistemului. În ultimele versiuni de Windows, Microsoft a atenuat impactul cu utilizatorul, procesul de defragmentare executându-se în background.